Utilizarea preparatelor antibacteriene la pacienții cu COVID-19 este controversată și necesită acumularea de date convingătoare pentru evitarea prescrierilor excesive și inutile. Tabloul clinic pare a fi prima opțiune și cea mai convingătoare în luarea deciziei de inițiere a antibioticoterapiei, iar datele de laborator (leucocitoza, VSH, limfopenia, proteina C-reactivă, procalcitonina) și radiologice pot facilita luarea deciziei prin monitorizarea adecvată și minuțioasă. Beta-lactaminele (penicilinele, cefalosporinele), inclusiv cele protejate, macrolidele și fluorochinolonele pot fi considerate preparate de primă intenție la pacienții în stare medie-gravă internați în secțiile de terapie. Durata infecției cu SARS CoV-2 de la debutul simptomelor până la momentul internării pot fi decisive pentru inițierea tratamentului antibacterian în contextul sesizării începutului furtunii citokinice, ce va necesita utilizarea antiinflamatoarelor steroidiene.
Strategiile de utilizare a preparatelor antimicrobiene în infecția cu SARS CoV-2 au evaluat odată cu pandemia, cunoscând controverse importante în funcție de perioada COVID-19, regiuni și experiența acumulată. În prima fază a pandemiei de coronavirus, majoritatea orientărilor naționale și internaționale privind managementul COVID-19 au recomandat ca tratamentul empiric cu antibiotice să fie luat în considerare la toți pacienții cu pneumonie COVID-19 în stare critică, în baza datelor anterioare ale infecției severe cu gripa A. Antibioticele au roluri rezonabile în gestionarea COVID-19, în special pentru tratarea co-infecțiilor bacteriene suspectate sau confirmate. Organizația Mondială a Sănătății a recomandat evitarea antibioticelor în scopul tratamentului COVID-19 decât în prezența co-infecțiilor bacteriene. Cu toate acestea, dovezi în creștere sugerează că o proporție foarte mare de pacienți cu COVID-19 sunt tratați inutil cu antibiotice. Antibioticele au fost prescrise empiric la 70-98% dintre pacienți, în pofida confirmării reduse a infecțiilor bacteriene secundare (7-19%).